El levantamiento de las tropas de África el día 17 de julio de 1936 y la extensión del conflicto en el día siguiente a Algeciras repercutió de una manera directa en una zona considerada por los sublevados de importancia estratégica, tanto para poder asegurar el control del Estrecho en conjunción con Ceuta como porque habría de ser la puerta de entrada de las primeras tropas procedentes de Marruecos que deberían unirse a las del general Queipo de Llano en las cercanías de Sevilla.

En torno a las tres de la tarde del día 18 de julio, el teniente coronel Manuel Coco se hacía cargo del golpe en Algeciras ante la indecisión del Comandante Militar del Campo de Gibraltar, el coronel Emilio March, y se daba lectura a un bando declarando el estado de guerra quedando toda la ciudad bajo el control de los sublevados. En la mañana del día 19, según Cristóbal Delgado Gómez, atracó en el puerto el buque mercante Cabo Espartel con las primeras tropas de Regulares.

Es de interés la narración que nos ofrece F. Beltrán en relación con el desembarco de tropas en el puerto: "Por la tarde (del día 19) llegó a Algeciras el segundo Tábor de Regulares de Ceuta, al mando del comandante Amador de los Ríos. Una sección de este Tábor acudió a la Aduana, en cuyo local se hizo formar a todos los carabineros con todo su armamento. El teniente coronel Coco les dirigió una arenga, explicando las razones del Levantamiento, que iba en contra del imperio de la injusticia y del desorden. Terminó la arenga pidiendo a los adictos que diesen un paso adelante, y gritando un ¡Viva España! al que contestaron todos".

El día 5 de agosto tuvo lugar el desembarco del conocido como Convoy de la Victoria, con el traslado de tropas y material de guerra desde Ceuta hasta el puerto de Algeciras en el que participaron los buques correo Ciudad de Algeciras y Ciudad de Ceuta. Dos días más tarde, el 7 de agosto, el acorazado republicano Jaime I entró en la bahía y procedió a bombardear el puerto y la ciudad en un intento por batir la sede del Gobierno Militar y otras instalaciones militares y portuarias. En el transcurso del bombardeo fueron alcanzados el cañonero Dato, que se hallaba refugiado junto al Rompeolas de la Isla Verde, incendiándose, y el Ciudad de Ceuta, aunque éste sólo sufrió leves daños.

El ingeniero director dio cuenta, en la sesión del día 28 de agosto, de los daños causados en las instalaciones portuarias por el bombardeo del día 7 de agosto y por otros realizados por la aviación republicana con base en Málaga en los días posteriores al 18 de julio. En su informe se refiere a "los gravísimos daños causados en los diferentes bombardeos que ha sufrido la población en las obras, tanto del muelle como del Rompeolas, y de los considerables destrozos causados el día que más particularmente fueron bombardeados dichos muelles en los diferentes edificios enclavados en los mismos". Entre los daños se hace mención, en esa sesión y en otras posteriores, a algunos edificios, tales como la Estación Marítima y la Caseta de Pesquerías "que han quedado totalmente destruidos". También aparecen noticias de desperfectos causados en los edificios de Sanidad y de la Comisaría, en el Rompeolas y talleres de la Isla Verde, así como en algunos almacenes del muelle de la Galera. En un primer cálculo, el ingeniero director manifiesta que las reparaciones necesarias alcanzarían una cuantía que superaría con creces la suma de 200.000 pesetas.

De los datos recogidos en las actas de las sesiones celebradas entre los meses de agosto de 1936 y mayo de 1937 se extrae que, en ese período de tiempo, la paralización del puerto fue casi total. En la citada sesión del 28 de agosto, se manifiesta que "como por las circunstancias la paralización del puerto es completa y ésta se traduce en una carencia casi total de ingresos por los diferentes servicios y la exigencia de recursos propios es insuficiente para atender a los gastos permanentes de la Junta, en sueldos, jornales y materiales, se acuerda por la Comisión, como medida circunstancial y con carácter temporal sin perjuicio de recabar cuando haya lugar la debida autorización superior atender a los expresados gastos en la cantidad que sea precisa con fondos procedentes de la Subvención del Estado con carácter reintegrable, hasta cuando los recursos propios de la Junta permitan devolver las sumas que se hayan precisado abonar por la indicada causa".

La Junta, como cualquier otro organismo de la época, sufrió también los perniciosos efectos de la represión impuesta por el nuevo régimen. El 26 de agosto fue detenido en la Dirección Facultativa de la entidad y encarcelado el ayudante de Obras Públicas, Francisco de Cos Romero. Y el día 28 se recibió un oficio del alcalde-presidente de la Comisión Gestora Municipal trasladando una circular del Gobernador Civil de la provincia sobre filiación política de los empleados de la Junta.

Un aspecto digno de resaltar es el de los problemas de abastecimientos de los sublevados en los meses siguientes al levantamiento militar. La guarnición inglesa y la administración de Gibraltar simpatizaban con los sublevados, mientras que la población trabajadora estaba en un elevado porcentaje a favor del Gobierno Republicano. La política de no-intervención auspiciada por el Gobierno de la Gran Bretaña no impedía que, desde Gibraltar, se abasteciera al ejército llamado Nacional. Una parte de las mercancías y víveres llegaban a Gibraltar en barcos mercantes desde los que se trasvasaban a barcazas que las transportaban hasta el puerto de Algeciras. En la sesión de la Junta celebrada el día 22 de enero de 1937, el jefe de Transportes Militares envió un oficio, de fecha 7 del mismo mes, a la Junta comunicando que los servicios "que la barcaza Carmen presta al ejército son el transporte de víveres desde Gibraltar a esta Plaza y solamente percibe su patrón, D. Ramón Rives, el importe de los gastos de personal y combustible."

Otro aspecto que conviene destacar en relación con las repercusiones que el estado de guerra tuvo en el funcionamiento de la Junta, fue la escasez de materiales en las obras que se encontraban en marcha (el muelle Pesquero y la rampa-varadero de la Isla Verde) y la ausencia de dirección y del personal técnico empleado en las mismas, bien por abandono voluntario o por hallarse en la zona republicana cuando estalló el golpe del 18 de julio.

Antonio Torremocha. Doctor en Historia Medieval. Académico de número de la Academia Andaluza. Director del Museo de Algeciras (1995-2007)