Con el incremento del tráfico comercial en el puerto, sobre todo con Gibraltar y Marruecos, en el año 1742 el Gobierno de la Nación estableció una aduana en Algeciras con el fin de controlar y grabar con los impuestos reglamentarios el citado tráfico. Para no perjudicar a los habitantes de la ciudad y de las otras ciudades de su entorno que se abastecían de productos importados a través del puerto algecireño, se eximió del pago de impuestos aduaneros a todos los géneros que entraran por vía marítima para el consumo de los vecinos.

Sin embargo, seis años más tarde, por Real Orden fechada en el palacio del Buen Retiro el 5 de Octubre de 1748 se suprimió dicha aduana con el curioso objetivo “de facilitar el comercio”. La Orden dice lo siguiente: Siendo graves los inconvenientes de que se mantenga la aduana que se estableció en Algeciras, ha resuelto Su Majestad que desde luego se quite, y que siga el comercio en la misma forma que lo ejecutaba antes de su establecimiento, y lo participo (a los Srs. Directores de Rentas Generales) para que lo manden ejecutar el primer correo. Dios guarde a V.S. muchos años. Buen Retiro, 5 de octubre de 1748.

No cabe duda de que con esta supresión se beneficiaba a los puertos de Tarifa y Cádiz que, tradicionalmente, habían monopolizado el comercio con los puertos norteafricanos, puesto que tenían establecidas aduanas con anterioridad a la de Algeciras. Desde finales del siglo XV, el puerto de Cádiz contaba con un almojarifazgo o renta de Berbería, que le autorizaba a poder comerciar con los puertos de la otra orilla. Probablemente, el auge del puerto algecireño y la pérdida de los fletes dirigidos al comercio marroquí promovieron las quejas de Cádiz y Tarifa ante el Rey, lo que ocasionó que éste anulara la concesión de la aduana algecireña.

No obstante, y a pesar de la prohibición, las embarcaciones procedentes de Marruecos continuaron acudiendo al puerto de Algeciras, lo que obligó a las autoridades de Hacienda a reconsiderar lo establecido en 1748. El 29 de junio de 1766 se remitió una Orden al Director de Rentas Generales por la que se le comunicaba que habiendo sabido Su Majestad que el referido puerto (de Algeciras) es frecuentado de los de Berbería, y que de privar a éstos de su uso, se les siguen graves perjuicios, y puede temerse se retraigan de continuar en el comercio, se ha dignado Su Majestad habilitarle para el recíproco comercio de los géneros y frutos de permitida entrada y salida, entre estos Dominios y los del Emperador de Marruecos según, y en la propia forma que lo está el de Tarifa. También se expresan, en la Orden, los nombramientos de un administrador y un interventor para la Aduana de Algeciras, con lo qué, a partir de 1766, volvía este puerto a contar con administración aduanera.

El cauce bajo del río de la Miel y su desembocadura a finales del siglo XIX. Con la letra A, el edificio donde estuvieron ubicadas las oficinas de la Aduana. Con la letra B, la Caseta de la Aduana que se hallaba situada en la cabecera del muelle Comercial o Viejo.

Al año siguiente, el reino de España y el sultanato de Marruecos firmaron un tratado de libre comercio que, entre otros acuerdos, establecía la libertad recíproca de navegación, pesca y comercio entre los puertos de ambas naciones. Se abrieron consulados españoles en Larache, Tánger y Río Martil-Tetuán, multiplicándose los intercambios en las décadas siguientes. Marruecos exportaba a España ganado, cueros, cera y, sobre todo, trigo. Los puertos de destino más frecuentados, en la costa marroquí, por las embarcaciones de comercio de Algeciras y Tarifa, eran Tánger, Larache y Río Martil.

Los funcionarios de aduanas debían evitar, entre otras arbitrariedades, que los barcos extranjeros sacasen dinero del Reino por las ventas realizadas, debiendo cargar mercancías de retorno por el valor de los géneros entrados en España. Sin embargo, en algunas ocasiones, y cuando especiales circunstancias así lo exigían -como ocurrió en agosto de 1782-, esta prohibición no se tendría en cuenta. En el mes y año citados -en pleno bloqueo de Gibraltar- el Duque de Crillon solicitó al Administrador de Aduanas de Algeciras, mediante un escrito, para que éste lo transmitiese al Rey, que las embarcaciones extranjeras que desembarcaran mercancías por cuenta de la Real Hacienda pudieran sacar libremente para donde quieran el dinero que importan sus fletes (Archivo Histórico Nacional, Sección Hacienda, Libro 8033. fol. 232), a lo que el Rey accedió, teniendo en cuenta las razones en que se fundamentaba la petición del Duque, que no eran otras que impedir el desabastecimiento de los ejércitos español y francés de bloqueo exigiendo la salida de mercadurías y víveres en el viaje de retorno.

Aunque desde que estuvo activo el servicio de Rentas y Aduanas en el puerto de la ciudad, con el claro objetivo de controlar el comercio, grabar con las tasas legales establecidas las mercancías y pasajeros que entraban por él y cuantificar las salidas de productos, otros de sus cometidos -con el paso del tiempo, el principal-, consistía en poner coto al creciente comercio ilegal que, desde la colonia inglesa, se realizaba, sobre todo desde que finalizó el asedio de 1727. El contrabando fue, durante al menos dos siglos, la principal y más lucrativa actividad a la que, con la permisividad y, en ocasiones, con la connivencia de las autoridades locales y de la Roca, se dedicaba buen número de ciudadanos de la zona. En la Revista de Inspección del año 1786, realizada por don Luis Muñoz de Guzmán, en relación con la prohibición de que los pescadores saliesen de noche a pescar por el peligro de que se dedicaran a traer contrabando a Algeciras, se decía que la prohibición no sería para ellos tan sensible, si no viesen que los mismo faluchos de Rentas sacan frutos (de Gibraltar) que a ellos mismos se les impide.

Faluchos corsarios y barcas de pesca alternaban con frecuencia su actividad habitual con el contrabando, al que los funcionarios de Rentas y Resguardo debían hacer frente, aunque por lo general con escaso éxito.

En 1842 Algeciras tenía una Subdelegación de Rentas, dependiente de Cádiz, cuya jefatura la ostentaba el Comandante General del Campo de Gibraltar, contando con un juzgado compuesto de un asesor, un abogado fiscal y un escribano, y estando habilitada para fallos de causas por contrabando. Según Pascual Madoz, a mediados del siglo XIX había en el puerto una Administración de Rentas y Aduana de cuarta clase dotada de un administrador, un contador, un oficial, un fiel de muelle y dos de los derechos de la línea. Refiere este autor que, en algunos momentos, el puerto de Algeciras había contado con una Aduana de segunda clase, pero que se suprimió, estando en su tiempo (1845-50) habilitado sólo para importar cueros al pelo y para el comercio de cabotaje. Según Manuel Pérez-Petinto, el puerto de Algeciras contó con una aduana de segunda clase desde el 8 de abril de 1855.

Dependencia de la Estación Marítima en la que el Servicio de Aduana tenía establecida una zona para supervisar a los pasajeros y las mercancías que desembarcaban de los vapores de Gibraltar.

El 15 de octubre de 1894 se aprobaron, por Real Decreto, las Novísimas Ordenanzas de Aduanas por las que se establecían las diferentes categorías de las oficinas aduaneras ubicadas en los puertos y las mercancías que podían entrar y salir por los mismos. El de Algeciras quedaba encuadrado entre los puertos que disponían de Aduana de Primera Clase, estando habilitado, por lo tanto, para desarrollar todas las operaciones de importación, exportación, tránsito y cabotaje. Además se establecía que Getares quedaba habilitado para el embarque de piedra de las canteras que se explotaban en sus alrededores; el muelle del Ferrocarril (muelle de Madera) se habilitaba para el despacho de pasajeros, equipajes y mercancías; el río Guadarranque para el embarque de ladrillos y tejas nacionales, exportación de corcho, carbones, cortezas, leñas y maderas; el río Guadiaro para el embarque de carbones, corcho, cortezas, leñas y maderas nacionales y el Tolmo para embarcar piedras labradas de las canteras cercanas.

Desconocemos donde se encontraban las oficinas de Rentas y Resguardo en el siglo XIX, pero debió ser en un edificio cercano al puerto. Es muy probable que desde la habilitación para el comercio del muelle-embarcadero situado en la orilla izquierda del río, hacia mediados del siglo XIX, se colocara una Caseta de Aduana en el extremo meridional de la Marina, a la entrada del denominado después Muelle Viejo. A principios del siglo XX está documentada la citada caseta en el arranque del mencionado muelle (véanse las ilustraciones que se adjuntan). Se trataba de una pequeña caseta de madera que albergaba a los funcionarios encargados del control de la entrada y salida de mercancías.

El ensanche del muelle Comercial, emprendido en enero de 1913, y las obras del muelle de la Galera, en marcha desde mayo-junio del mismo año, obligó a cambiar la ubicación de la Caseta de Aduana, puesto que su actual posición y la actividad que realizaba perturbaban los trabajos que se desarrollaban. A principios del mes de febrero de 1914, el Ingeniero Director de la Junta de Obras del Puerto, para solventar el problema que representaba la vieja Caseta, propuso que el servicio de aduana fuera trasladado a uno de los tinglados que se estaban instalando en el nuevo muelle de la Galera. En reuniones celebradas el 18 de mayo y el 16 de noviembre se aprobaron las condiciones exigidas a la Administración de Aduana para la ocupación de una zona cerrada en uno de los tinglados construidos, siendo la principal de ellas el que previamente fuera demolida la Caseta antigua por estorbar al tráfico y hallarse en estado ruinoso. Cuando, años más tarde, estuvo concluido el muelle de la Galera o de Alfonso XIII, la Aduana fue, de nuevo, trasladada a otra dependencia más cercana a la zona de embarque y desembarque de pasajeros y mercancías. En la sesión celebrada por la Junta el 14 de noviembre de 1923 se dio cuenta de cómo se había trasladado la Caseta de Aduana a las nuevas dependencias habilitadas en el nuevo muelle.