Cuando, en torno al año 1379, el sultán de Granada mandó destruir Algeciras, el puerto interior quedó colmatado y su canal de acceso, a través del llamado “Ojo del Muelle”, cegado en opinión del historiador Ortiz de Zúñiga.

No obstante, el vano para la entrada de las embarcaciones en realidad se fue cegando con el paso de los años. La erosión, el arrastre de materiales por efecto de la lluvia y el viento, la acumulación de arena causada por las olas y las mareas, etc., hicieron su trabajo de destrucción hasta hacer inviable el uso portuario del que había sido el enclave naval más seguro de la orilla norte del Estrecho, al menos desde el siglo X.

La colmatación del puerto interior, evidenciada por las intervenciones arqueológicas realizadas en la zona baja de Algeciras, el cegamiento del canal de acceso y la destrucción de las atarazanas, lograron borrar del mapa el puerto algecireño imposibilitando su uso militar y comercial por espacio de trescientos cuarenta años.

Las ciudades de Gibraltar y Ceuta en un mapa de principios del siglo XVI. De Algeciras, desaparecida, solo se muestra la Isla Verde.

La dársena y el muelle, que habían sido la razón de ser de la ciudad desde la fundación de al-Yazira al-Jadrá en el año 712, permanecieron inutilizados durante casi cuatro siglos. Entre las centurias XV y XVIII, serían el fondeadero de la Isla Verde, defendido de los temporales de levante y del sudeste por la propia isla y los tramos de arrecifes que la flanqueaban por el nordeste y por el suroeste, y el curso bajo del río de la Miel, los únicos lugares en los que podían fondear las embarcaciones.

Gibraltar, que carecía de las excelentes cualidades portuarias que poseía la vecina Algeciras, contando solo, en la Edad Media, con el llamado Muelle Viejo, un espigón situado en mar abierto al norte de la ciudad, fue el verdadero beneficiario de la destrucción de Algeciras. En los tres siglos siguientes (XV, XVI y XVII), se convertiría en el puerto por excelencia de la orilla norte del Estrecho, en base naval de Castilla y en el enclave comercial por el que se exportaba el abundante pescado capturado en la Bahía y el vino que se producía en los antiguos términos de las Algeciras, como refiere el historiador gibraltareño, Alonso Hernández del Portillo a principios del siglo XVII.

Mas, las cualidades para el fondeo de navíos de los entornos de la Isla Verde no fueron desaprovechas en los citados siglos. El 17 de septiembre del año 1407, el Almirante de Castilla, Alonso Enríquez, se estableció con su flota en el fondeadero de Getares, pero como estaba mal resguardado y començó a fazer mal tiempo, la movió para yr a la ysla de Algezira… De acuerdo con la Crónica Castellana, el Almirante situó la escuadra en el fondeadero de la Isla Verde, frente al río de la Miel. En ese espacio de aguas abrigadas permaneció la flota hasta el día 25 de septiembre. "E estando el almirante en Algezira otro día, jueves veinte e çinco días de setiembre… fuese con la flota fasta las viñas de la (Torre) Cartajena… e, luego, tornáronse todos al fondeadero de Algezira". Es esta la primera ocasión, posterior a la destrucción de la ciudad, en que se hace mención al fondeadero de la Isla Verde, que sería muy utilizado en los siglos siguientes.

La ciudad de Gibraltar y el Muelle Viejo en 1627 según Luis Bravo de Acuña.

Ante la evidencia de la desaparición de las estructuras portuarias algecireñas entre 1379 y 1721, se constata la utilización temprana y frecuente del citado fondeadero de la Isla Verde por las flotas que arribaban a la bahía de Algeciras en los siglos XV, XVI, XVII y hasta la tercera década del XVIII, bien para resguardarse de los temporales en sus abrigadas aguas, bien para hacer aguada en el cercano río de la Miel.

Las cualidades portuarias del citado fondeadero serían redescubiertas por el ingeniero belga al servicio de rey Felipe V, Jorge Próspero de Verboom, cuando desembarcó en la arruinada ciudad de Algeciras en el mes de septiembre del año 1721 en el transcurso del viaje que realizaba a Ceuta para supervisar las fortificaciones de la ciudad norteafricana.

De la inspección que llevó a cabo en aquella ocasión, surgió un informe que, en 1726, elevó al rey de España y en el que hace extensa relación de las excelencias portuarias de la ciudad. Entre otras cosas, dice lo que sigue: "Este puerto se halla precisamente en frente de la boca del río de la Miel, entre las dos ciudades, cubierto, como queda dicho, de todos los vientos por la disposición de la costa… Y siendo solamente el sudeste el que mas le havia de combatir, parece que la naturaleza se esmeró en atravesar cinco órdenes de peñas estrechas, casi paralelas entre sí, con distancia de cosa de 20 toesas (39 metros) una de otra…, que tirando de suroeste al nordeste como tantos otros muelles, donde rompen las olas, le defienden enteramente, por elevarse estas peñas a la altura de la marea alta…, además de un islote llamado de la Palomilla (Isla Verde)… El fondo es considerable, pues aunque la playa es muy llana, pueden a 20 toesas de la orilla llegar los botes y lanchas, y a 40 (78 metros) hay ya mas de una brasa de agua a marea alta; y en lo correspondiente entre las dos ciudades enfrente del río de la Miel, a 70 toesas (136 metros) tiene tres brasas (5 metros), correspondiendo la mayor hondura al centro y parte septentrional de dicha ciudad, bahía adentro, que es donde pueden mantenerse los navíos de alto bordo… Pero las fragatas, galeras y otras embarcaciones menores pueden surgir enfrente de dicho río de la Miel a cubierto de todo rompimiento del mar".

Dieciséis años antes, el dominico francés, padre Lavat, que visitó Algeciras en el mes de diciembre de 1705, se había referido a la arruinada ciudad diciendo que "entre las dos había un pequeño puerto bastante seguro y de buena traza". Debía de referirse al fondeadero situado entre la isla y la playa o a algún tipo de endeble embarcadero construido en la ribera del río.

La resurgida Algeciras en el año 1724. Señaladas con flechas la inexistencia de estructuras portuarias.

Aunque Verboom hace hincapié en varias ocasiones a lo largo de su informe a las ventajas que reportaría habilitar el puerto de la nueva ciudad, lo cierto es que ni en el proyecto que redactó, ni en la documentación conservada sobre la ciudad en la primera mitad del siglo XVIII, se hacen referencias explícitas a la existencia ningún tipo de estructura portuaria como un muelle o un embarcadero.

Hasta mediados de esa centuria, el curso bajo del río de la Miel fue el único espacio portuario de la renacida ciudad convertido en puerto natural y en zona de atraque para faluchos y pequeñas barcas pescadoras, cuando las frecuentes avenidas no lo impedían. Los navíos de gran porte que arribaban a Algeciras permanecían fondeados en la rada, entre le Isla Verde y la desembocadura del río, desde donde eran embarcados y desembarcados pasajeros y mercancías por medio de los citados faluchos o barcas hasta la que luego fue playa de La Marina.

Desde que en 1755 la ciudad logró su segregación de San Roque, favorecida por su posición alejada de la zona de conflicto (Gibraltar) y con una población que había crecido de manera notable, las actividades económicas y su revalorización como puerto base de los navíos de guerra, iban a fomentar las funciones marítimas de Algeciras y la mejora de sus endebles infraestructuras portuarias.

En la segunda mitad del siglo, quizá como resultado del establecimiento de los navíos de guerra en el fondeadero de la Isla Verde, un espacio de aguas abrigadas alejado del alcance de los cañones enemigos situados en Gibraltar, y de la necesidad de comunicarse con tierra, se dotó al río de la Miel de un embarcadero de madera, primer elemento portuario conocido.

Mapa parcial de la Bahía trazado en el año 1627 por Luis Bravo de Acuña en el que aparecen las ruinas de Algeciras, las dos corachas marítimas y la Isla Verde.

Dicho embarcadero debió estar situado en la margen izquierda del río donde luego se construyó en mampostería el conocido como Muelle Viejo. Su función se limitaba a posibilitar el atraque de los faluchos que comunicaban el litoral con los navíos de guerra o los buques mercantes fondeados junto a la Isla Verde o a las barcas pescadoras que se resguardaban en el cauce bajo del río de los temporales del sudeste que, con frecuencia, azotaban durante el invierno el litoral algecireño. En el año 1772, el viajero inglés Francis Carter hace referencia al citado embarcadero cuando escribe que (Algeciras) "posee un muelle miserable, defendido por la ya mencionada fortaleza que hay sobre la isla". Deber tratarse del mismo embarcadero que menciona Francisco Pérez Bayer en el año 1782 y que precedió al Muelle Viejo.