El Museo Naval de San Fernando cumple 30 años de antigüedad, tiempo en el que ha evolucionado incluso con un cambio de instalaciones: de la Escuela de Suboficiales donde abrió el 27 de marzo de 1992, al espacio habilitado en la antigua Capitanía General. Esta efeméride se celebra con el jueves 31 de marzo con la conferencia El Museo Naval de San Fernando: Treinta años de historia, en las dependencias del museo de la calle Escaño. 

La Armada recuerda que la idea de crear un espacio cultural en San Fernando se remonta a 1792, cuando se consideró necesario para incrementar los medios de enseñanza para la Real Compañía de Guardias Marinas. Se designaron varios oficiales para viajar a Francia e Inglaterra y visitar otros archivos y museos, y para adquirir y recopilar documentos y fondos, tales como cartas náuticas, instrumentos de navegación, aparatos de observación, modelos de barcos y otros. Ese material, detallan, se distribuyó entonces entre el Real Observatorio y otras dependencias del Departamento, para luego pasar a formar parte de lo que sería el futuro Museo Naval.

Los acontecimientos políticos y sociales que sucedieron en España a comienzos del siglo XIX hicieron caer en el olvido esta iniciativa, quedando paralizada la idea de su creación. Sería durante el reinado de Isabel II, cuando surgió de nuevo la idea de crear este museo, aunque en Madrid. 

En 1980, el Instituto de Historia y Cultura Naval de Madrid decidió que recuperar la idea original dada la tradición y los recursos que tenían las cabeceras de los Departamentos Marítimos y crear museos filiales del Museo Naval de Madrid en Cartagena, Ferrol y San Fernando. Tras varios años de trabajos de organización, adquisición, compilación y búsqueda de fondos adecuados, además de un edificio que reuniera todas las necesidades, el 27 de marzo de 1992 se inauguró el Museo Naval en San Fernando, en el mismo edificio donde hubiera estado ubicado en el siglo XVIII, la Escuela de Suboficiales de la Armada.

En 2015 tras más de 20 años en esa primera ubicación se trasladó a su actual localización en el edificio de la antigua Capitanía General del Departamento Marítimo.