Don Egidio Bocanegra era hermano de Simón Bocanegra, gran Dux de Génova. Con sus galeras actuaba más como un corsario que como un marino de la República Genovesa, poniendo sus embarcaciones al servicio del mejor postor. Así, en el verano de 1340 fue contratado, con su flotilla de tres galeras, por el rey Felipe VI de Francia para participar en la guerra que mantenía el francés con el rey Eduardo III de Inglaterra, la llamada Guerra de los Cien Años.

Entretanto, en Castilla, el rey Alfonso XI había enviado su escuadra, al mando de su almirante don Alonso Jofre Tenorio, al Estrecho para que impidiera a la flota musulmana cruzar a la orilla andaluza con su ejército. Sin embargo, el 4 de abril de 1340, la escuadra castellana sufrió una gran derrota en la ensenada de Getares, muriendo su almirante Alonso Jofre Tenorio y perdiéndose más de la mitad de las embarcaciones. No obstante, aunque el sultán de Fez logró cruzar con sus tropas el Estrecho y unirlas a las del rey Yusuf I de Granada, fue vencido por Alfonso XI, con la ayuda del rey de Portugal, en la famosa batalla del río Salado el 30 de octubre de 1340.

Después de esta victoria, el rey de Castilla decidió poner cerco a la ciudad de Algeciras y ordenó a su escuadra, que teñía como Mayoral a don Alfonso Ortiz Calderón, prior de la Orden de San Juan de Jerusalén, que se situara en los entornos del puerto de Algeciras para impedir que entrasen en la ciudad hombres y armas por mar.

El 20 de agosto del año 1341 llegó al Estrecho don Egidio Bocanegra con las quince galeras que enviaba al Dux, su hermano para que se unieran a la flota castellana, a cambio de recibir 800 florines de oro por cada galera y cada mes que estuviera a su servicio, más otros 1500 florines para la nave capitana de don Egidio, y con la condición de que el rey de Castilla lo nombrara Almirante Mayor de la Mar. Aceptada estas leoninas condiciones, el rey Alfonso XI le ordenó que se estableciera en aguas de la bahía de Algeciras para evitar que le entraran a la ciudad hombres, armas y vituallas desde el puerto de Gibraltar o desde la otra orilla, mientras que él recorría las ciudades de Castilla y León imponiendo la “alcabala” y recaudando el dinero necesario para acometer tan largo asedio que esperaba sería el de la ciudad de Algeciras.

Traslado realizado en 1703 del privilegio por el que el rey Alfonso XI concede a don Egidio Bocanegra el llamado alcázar de Manifle en la recién conquistada ciudad de Algeciras. Otorgado en Sevilla a 25 de mayo de 1344 (Real Academia de la Historia, Colección Salazar, M. 114).

En mayo de 1342, tan solo dos meses y medio antes de iniciarse el sitio de la ciudad, la flota castellano-genovesa de don Egidio Bocanegra se desplazó a la costa africana y atacó, en la ensenada de Bullones, a la escuadra benimerín, ocasionándole una severa derrota, con la pérdida de numerosas embarcaciones. Unos días más tarde,  volvió el almirante de Castilla a vencer a la escuadra musulmana, en esta ocasión, en la desembocadura del río Guadalmecí. Con estos resonantes éxitos, don Egidio estaba logrando que los musulmanes de la otra orilla encontraran serias dificultades para poder abastecer Algeciras en los meses previos al asedio que el rey Alfonso XI pensaba establecer a partir del día 1 de agosto de ese año.

Sin embargo, la empresa naval más destacada en la que participaría el recién  nombrado almirante de Castilla, don Egidio Bocanegra, sería el cerco y la conquista de la ciudad de Algeciras, que se inició a primeros de agosto del año 1342 y que no finalizaría hasta que el gobernador musulmán de la plaza sitiada capitulara el 26 de marzo del año 1344, cuando se redactó el llamado Tratado de Algeciras que obligada por igual al sultán de Fez, al emir de Granada, al rey de Aragón, al Dux de Génova y al rey de Castilla. Durante los veinte meses que duró el asedio, la escuadra castellano-genovesa, situada en los alrededores de la Isla Verde y la ensenada de Getares, con la colaboración de las galeras enviadas por el rey Pedro IV de Aragón, tuvo una decisiva participación en la victoria final de la campaña, al haber logrado bloquear, durante todo ese tiempo, el puerto de Algeciras impidiendo que le entraran vituallas y armas desde Gibraltar y Ceuta, contribuyendo, de esa manera, al éxito de tan relevante empresa y a que, la ciudad portuaria -que era el punto de arribada de los invasores que llegaban desde la orilla africana- pasara a estar bajo la autoridad y el dominio del rey de Castilla y León. Aunque en varias ocasiones el rey Alfonso XI tuvo que solicitar ayuda económica a los mercaderes catalanes y judíos que estaban en el cerco para pagar a la escuadra genovesa que amenazaba con abandonar el bloqueo e, incluso, amonedar su propia vajilla de plata para que los italianos, encabezados por don Egidio, no retornaran a Génova.

Maqueta de una nave castellana de la primera mitad del siglo XIV (Museo Municipal de Algeciras).

Como Alfonso XI no se fiaba de la lealtad de su almirante genovés -proclive, como ya lo había demostrado, a pasarse al enemigo si se le ofrecía una mejor soldada- recién comenzado el cerco, el 2 de septiembre de 1342, y para asegurar su fidelidad y adhesión a Castilla, le hizo donación de la villa de Palma del Río con sus vasallos, rentas, regalías y los monopolios que llevaban aparejados esos señoríos jurisdiccionales.

Una vez rendida Algeciras y habiéndose procedido al Repartimiento de las propiedades abandonadas por los musulmanes en la ciudad conquistada y su alfoz: palacios, alcázares, casas, mezquitas, alhóndigas, hornos, baños, molinos, almunias, etc., entre los personajes e instituciones que habían participado en tan relevante hecho de armas, estando el rey en Sevilla, redactó y firmó, el 25 de mayo de 1344, un privilegio rodado otorgando a don Egidio Bocanegra, almirante mayor de la Mar, la propiedad de unas casas-palacio conocidas como el Alcázar de Manifle, en Algeciras, que lindaban con los baños del rey y con la llamada calle de Génova.

Tras la muerte del rey Alfonso XI en 1350, víctima de la Peste Negra, cuando ponía cerco a la ciudad de Gibraltar, comenzó el reinado de su hijo Pedro Primero, nacido de su legítima esposa, la reina doña María de Portugal. Sin embargo, su hermanastro, Enrique de Trastámara, hijo primogénito de la amante de su padre, doña Leonor de Guzmán, le disputó el trono apoyado por parte de la nobleza nueva del reino y de mercenarios franceses, lo que desembocó, a partir del año 1360, en una cruenta guerra civil entre petristas y trastamaristas.

Don Egidio Bocanegra, señor de Palma del Río, continuó ostentando durante el reinado de Pedro I el relevante cargo de Almirante Mayor de la Mar, combatiendo al mando de la escuadra castellana fiel al legítimo rey Pedro Primero, y ocasionando severas derrotas a la flota de don Enrique de Trastámara; hasta que en el año 1366 cambió de bando y se puso a las órdenes del conde de Trastámara, que lo mantuvo como Almirante de su escuadra, del que recibió -probablemente para poder atraerlo a su bando- el señorío de Utiel, además de otras concesiones y regalías.

Pero el rey don Pedro Primero, conocido por sus enemigos con el apodo de “el Cruel”, no le iba a perdonar aquella traición. Un año más tarde, el Almirante don Egidio Bocanegra fue hecho prisionero por los petristas y el rey lo mandó ejecutar en Sevilla en el mes de septiembre de 1367. Su cuerpo recibió sepultura en la capilla de los Mejías del desaparecido monasterio sevillano de San Francisco, aunque sus restos fueron profanados por las tropas francesas que ocuparon la ciudad en el año 1810.