El Protocolo sobre Gibraltar, adscrito al Acuerdo de Salida del Reino Unido de la Unión Europea, contempla que la legislación comunitaria sobre transporte aéreo no podrá aplicarse en el Peñón entre tanto España y Reino Unido no alcancen "un acuerdo satisfactorio" sobre la utilización del aeropuerto. 

Se trata de uno de los grandes retos que ambas partes no han logrado plasmar en los memorandos de entendimiento que regirán las relaciones entre Gibraltar y la UE durante el periodo de transición hacia el divorcio y que queda concretado como ningún otro (directamente en el Protocolo) para que Madrid y Londres alcancen un consenso.

En concreto, en el punto titulado "Derecho del transporte aéreo", puede leerse: "El Derecho de la Unión en materia de transporte aéreo que no se aplicaba al aeropuerto de Gibraltar antes del 30 de marzo de 2019 sólo será aplicable al aeropuerto de Gibraltar a partir de la fecha establecida por el Comité Conjunto. El Comité Conjunto adoptará una decisión al respecto tras la notificación por parte del Reino Unido y España de que han alcanzado un acuerdo satisfactorio sobre la utilización del aeropuerto de Gibraltar".

Una vez que Reino Unido y Gibraltar dejen la UE, parte de la legislación europea sobre transporte aéreo que permanecía bloqueada podrá entrar en vigor. Es el caso del reglamento sobre el cielo único, la normativa sobre franjas horarias, la modificación de las reglas sobre derechos de pasajeros y varios acuerdos de aviación con países como Ucrania y Brasil, que Londres mantenía vetados desde 2012 por la vieja querella sobre el aeropuerto del istmo.

El viejo conflicto surge desde el momento en el que España reinvindica que el aeropuerto de Gibraltar se construyó en un istmo "ocupado por Reino Unido ilegalmente" y por ello luchó hasta conseguir que quedara excluido del reglamento sobre Cielo Único. Fue entonces cuando Londres, para presionar en sentido contrario, comenzó a bloquear varias normativas y acuerdos. 

Gibraltar siempre defendió que debía estar incluido en el proyecto porque forma parte de Europa desde 1973 y porque la legislación europea sobre aviación siempre se aplicó en este territorio hasta la entrada posterior de España en las Comunidades Europeas.

El acuerdo sobre el aeropuerto queda por tanto pendiente como uno de los grandes objetivos para las futuras negociaciones. Voces autorizadas como las del diputado socialista Salvador de la Encina han destacado siempre la importancia de conseguir el uso conjunto del aeródromo como un impulso fundamental para el desarrollo económico del Campo de Gibraltar y del propio Peñón. Los dos países lo han intentando este año sin éxito. Finalmente, España decidió aparcarlo para no estancar las otras negociaciones. El escollo está en la negativa de Gibraltar a que haya policías y agentes aduaneros españoles en territorio gibraltareño. 

El Foro Tripartito de diálogo entre España, el Reino Unido y Gibraltar, que tuvo lugar durante dos días en el Algarve en julio de 2005, comenzó a poner las bases de los acuerdos que permitieron el uso compartido del aeropuerto  durante algo más de tres años. Se tomó como modelo el aeropuerto  de Ginebra, que comparte suelo francés y suizo y que fue visitado por técnicos españoles, británicos y del Peñón el 10 de marzo de ese año. El acuerdo llegó en septiembre de 2006. Para ello, fue necesario superar las dificultades relacionadas con la controversia en torno al istmo ­sobre el que se ubica el aeródromo­ y su carácter militar. Las tres partes acordaron la construcción de una única terminal, financiada por Gibraltar  ­España solo costearía sus accesos­, contigua al lado sur de la Verja y con acceso directo desde La Línea. La gestión comercial correspondería a España y Gibraltar a través de una empresa conjunta. La declaración sustituía a la del 2 de diciembre de 1987 y levantaba por tanto la suspensión en Gibraltar  de las directrices de la Unión Europea en materia de aviación.

Gibraltar siempre se ha negado a que hubiera presencia policial española en su territorio ­ahora también­ y por eso se encontró una solución imaginativa: el edificio de la terminal se situó en territorio del Peñón, pero pegado a la Verja, de manera que su primera planta estaba habilitada para pasar por encima de la valla con un voladizo. En este espacio es donde se ubicarían los controles policiales españoles.

Sin embargo, los vuelos hacia Madrid no duraron mucho tiempo. En septiembre de 2008 Iberia canceló la conexión aérea desde la Roca tras casi dos años de funcionamiento. En abril de 2009 la compañía Ándalus recuperó los vuelos hasta la capital española y en julio de ese año incluso añadió una línea hacia Barcelona. Esta solo estuvo operativa tres meses y en marzo de 2010 fue el último vuelo desde Gibraltar hasta territorio español.