El Ministerio Fiscal ha decretado continuar con la investigación iniciada a raíz de una denuncia presentada por Verdemar-Ecologistas en Acción y el colectivo ornitológico Cigüeña Negra sobre la construcción de la Zona de Actividades Logística (ZAL) de la Bahía de Algeciras en el sector de El Fresno, en Los Barrios, después de que las diligencias de investigación condujeran a "deducir" que los hechos pudieran ser constitutivos de una "infracción penal".

Según el decreto del fiscal del 12 de noviembre de 2009, se acuerda el archivo de las diligencias informativas -al haber transcurrido "más de seis meses de investigación"- y remitirlas al Juzgado Decano de Instrucción de los de Algeciras a fin de que se incoen diligencias previas y continuar con la investigación de los hechos.

Los colectivos ecologistas denunciaron a la Consejería de Obras Públicas ante la Fiscalía de Medio Ambiente en mayo de 2006, al considerar que las obras de la ZAL incurren "al menos en un delito contra los recursos naturales y el medio ambiente". La denuncia, expone que los terrenos del sector de El Fresno Sur, donde se ubica la ZAL, constituyen una llanura de inundación situada en la desembocadura del río Palmones, destacando que en la cuenca de dicho río se han producido varias avenidas en los últimos años, siendo las más importantes las acontecidas en los meses de diciembre de los años 1990, 1995, 1996 y 2000. Los denunciantes incluyen argumentos que desaconsejan las actuaciones sobre las vegas fluviales del río Palmones. Entre ellas, citaron una publicación de la Consejería de Medio Ambiente que considera que esas vegas forman parte de "una de las zonas inundables más conflictivas de Andalucía". En el mismo sentido se pronunció la Consejería de Obras Públicas en 1998, el Ayuntamiento de Los Barrios en 2003 y la Consejería de Medio Ambiente en 2004 se opuso a las obras de canalización del proyecto. El Defensor del Pueblo, José Chamizo, elaboró en 2001 un informe sobre los "posibles riesgos" de la naturaleza inundabl de los terrenos.

Los ecologistas consideran que la Consejería de Obras Públicas está propiciando la urbanización "ilegal" de una llanura fluvial de su propiedad y, por ello, solicitó a la Fiscalía la paralización cautelar de las obras, ya que consideran que la ejecución de las mismas incurre en "al menos un delito contra los recursos naturales y el medio ambiente".