El error en el informe pericial que una de las defensas detectó en la caja 5 de la documentación de los ERE no parece ser el único. El ex interventor general de la Junta Manuel Gómez ha presentado un escrito en el juzgado de Instrucción número 6 de Sevilla en el que critica los "numerosos errores y deficiencias técnicas" que a su juicio han cometido los peritos de la Intervención General de la Administración del Estado (IGAE) que examinaron el procedimiento de concesión de las ayudas. Esos errores en las consideraciones y conclusiones del informe pericial oficial, según la defensa del ex interventor, afecta a cuestiones nucleares.

Entre los principales errores que denuncia esta defensa está la afirmación de que 45 disposiciones de la Junta de Andalucía habrían establecido que "el único destino posible legalmente de las transferencias de financiación es la compensación de pérdidas", esto es "erróneo, en algún caso o falso, en la mayoría de ellos". Es más, los peritos "se desmienten a sí mismos" en el dictamen que presentaron en el Tribunal Supremo el 19 de mayo de 2015 al "reconocer paladinamente que la ley del presupuesto no pretende regular la naturaleza y destino de las transferencias de financiación, ni lo hace".

Según el ex interventor, este cúmulo de "gravísimos errores y deficiencias del equipo pericial de la IGAE invalida por completo las conclusiones de sus informes", por haber descrito en sus informes un "contenido engañoso de determinadas normas" y por incurrir en la "desconcertante conducta de afirmar una cosa y la contraria".