El juez de la Audiencia Nacional Eloy Velasco investigará el asesinato de seis jesuitas -cinco de ellos españoles-, su ama de llaves y la hija de ésta en El Salvador en 1989 después de admitir a trámite la querella interpuesta por la Asociación Pro Derechos Humanos de España (APDHE) contra 14 militares salvadoreños. El magistrado investigará a los militares, entre los que se encuentra el ministro de Defensa en aquella época, por los delitos de asesinatos terroristas y contra el derecho de gentes, por su participación en la matanza de jesuitas en la Universidad de Centro América José Simeón Cañas (UCA).

Sin embargo, el juez rechaza actuar contra el que fuera presidente, Alfredo Cristiani, al considerar que no hay suficientes indicios contra él y, en todo caso, el delito que habría cometido sería el de encubrimiento, que no es competencia de la Audiencia Nacional.

Como primera actuación, Velasco va a tomar declaración al ex fiscal general de la República de El Salvador, Belisario Amadeo Artiga, y al juez Ricardo Zamora, así como a un miembro de la Delegación que viajó a El Salvador como parte de la Comisión del Congreso de EEUU, presidida por Joseph Moacklet entre el 11 y el 14 de febrero de 1990. Según la querella presentada por la APDHE, en la mañana del 16 de noviembre de 1989, el Ejército salvadoreño llevó a cabo el crimen como parte de su "desencaminada defensa" contra una ofensiva lanzada por el Frente Farabundo Martín de Liberación Nacional (FMLN). El Ejército buscó eludir su responsabilidad por los asesinatos y culpó al FMLN pintando con espray eslóganes en varios muros de la escena del crimen, que acusaban falsamente al grupo de haber colaborado con el Gobierno.

Un grupo militar llegó a la Universidad de Centro América en San Salvador a primera hora de ese día y se abrió paso a través del Centro Pastoral. Cuando los sacerdotes salieron para averiguar de qué se trataba, se les ordenó salir al jardín y tumbarse boca abajo en el suelo, mientras los soldados registraban el edificio. En esos momentos, el teniente Espinoza Guerra dio la orden de matar a los sacerdotes. Al final, seis sacerdotes, su ama de llaves y la hija de ésta fueron brutalmente asesinados.

En el momento de la masacre, Alfredo Cristiani Burkard era el presidente de El Salvador y comandante en jefe de las Fuerzas Armadas. De acuerdo a la querella, jugó un papel activo en el encubrimiento del crimen y la obstrucción de la subsiguiente investigación.