Después de tres temporadas consecutivas en Tercera -dos de ellas luchando sin éxito hasta casi el último instante por disputar la fase de ascenso- elaborar un proyecto ambicioso supone para el Algeciras más que un objetivo, una necesidad. O, si quieren, una exigencia que sus dirigentes, su plantilla y sus técnicos asumen con naturalidad pese al obstáculo constante en el que se traduce la crisis económica que sufre desde mucho antes de que la padeciera la sociedad en general.

El club albirrojo no ha estado cuatro campañas consecutivas en Tercera división desde principios de los noventa, cuando el otro crack acabó por condenarlo a Preferente.

Volvió a categoría nacional al final de la 1993-94 y desde entonces su existencia se ha basado en una lucha constante -la mayoría de las veces contra la falta de dinero- por afianzarse en la categoría de bronce, el mismo objetivo que recupera de cara a la próxim a temporada.

Tras un intento fallido como tercero en 1997, el Algeciras volvió a Segunda B en 1997-98 al acabar la Liga como cuarto. Fue el equipo que dirigía Gabriel Navarro 'Baby', formado como ahora por una inmesa mayoría de futbolistas de la comarca y que logró superar el escollo del Hellín Deportivo en una polémica eliminatoria. Sólo estuvo un año en la tercera categoría nacional, pero eso no le hizo bajar los brazos, asumió su necesidad de volver y lo logró unos meses después de la mano de Quico Álvarez, impulsado por los goles del canario José Luis Batista, al final de la temporada 1999-00. Ahí comenzó su etapa más larga en Segunda B. Logró la permanencia con apuros al curso siguiente y con algo más de comodidad el que le sucedió, hasta que en la 2002-03 su ambición acabó por darle una alegría enorme que se transformó en un problema gigante que a punto estuvo de costarle la existencia. El Algeciras subió a la categoría de plata en la 2002-03 y la inexperiencia llevó al derroche, de ahí a la mala gestión deportiva, al descenso, a acumular una deuda que todavía padece, inmerso en un concurso de acreedores por dilucidar. Aguantó dos temporadas más en la categoría de bronce (la primera francamente buena, con una sexta plaza que pudo ser más) pero el descenso a Tercera fue inevitable.

De nuevo se sintió incómodo en esta categoría, tal y como ahora, y sólo duró una campaña. En la 2006-07, de la mano de Manolín Núñez, con Manuel Ángel como gran estrella, volvió al tercer escalafón nacional. Eso sí, sólo duró la andadura 2007-08. El consiguiente descenso a Tercera división, sumado a otro en los despachos por impagos, le llevó a dar con sus huesos por primera vez en Primera Andaluza. Como siempre salió a relucir la condición de ave fénix que va impreso en el ADN del club algecirista. Tras una complicada temporada volvió a Tercera, le vio las orejas al lobo y decidió por primera vez en décadas atrincherarse en la inusual categoría a esperar a que escampara la tormenta de problemas monetarios. Tocaba taparse. Pese a salir con la idea de la salvación, con equipo hechos de gente de la casa que recibía (recibe) compensaciones económicas muy bajas, las últimas dos campañas las saldó metido en la pelea por la mal llamada liguilla hasta casi el último bocinazo. Pero ya está. La ambición por regresar a Segunda B vuelve a florecer en el club y en su entorno. La Tercera incomoda tanto tiempo. El Algeciras vuelve a ser el que solía.