La juez Mercedes Alaya, instructora del caso de los ERE en Andalucía, considera que el PSOE, como partido que sustentaba al Gobierno andaluz, fue "beneficiario" del "uso absolutamente discrecional" de los fondos públicos y que le produjo "réditos políticos y electorales". En la exposición razonada que ha enviado al Tribunal Superior de Justicia de Andalucía (TSJA) sobre los aforados autonómicos, señala que indiciariamente "el beneficiario de manera mediata o indirecta del uso absolutamente discrecional de los fondos públicos por parte de la administración fue el propio partido de Gobierno (PSOE) al engrasar durante años y de esta forma las relaciones con empresarios y sindicatos, lo que le generaría réditos políticos y electorales".

La exposición se refiere a los cuatro aforados por ser diputados autonómicos: Carmen Martínez-Aguayo, Francisco Vallejo, Antonio Ávila y Manuel Recio, que fueron consejeros en diferentes gobiernos andaluces. Alaya precisa que los beneficiarios del supuesto fraude serían "próximos al poder político al tratarse siempre de subvenciones a personas o empresas con influencia en la Junta de Andalucía, ya fuera a través de los cargos de esta última o a través de los sindicatos y carentes de publicidad". La juez señala que los sindicatos cobraban "importantes comisiones" por el pago de las subvenciones, que beneficiaron a más de 260 empresas.

En la exposición enviada al TSJA, Alaya insiste en que el Consejo de Gobierno presidido por Manuel Chaves aprobó los programas de financiación en varios acuerdos entre 2005 y 2007, a pesar de los expedientes emitidos por el interventor general. En otro momento de la exposición, la juez señala que durante el primer año de  mandato de Manuel Recio como consejero de Empleo se concedieron ayudas "al margen de los procedimientos y controles legalmente previstos y con plena conciencia de su ilegalidad".

En las 74 páginas de la exposición razonada insiste Alaya en que los consejeros y viceconsejeros conocían el sistema ilegal de las transferencias de financiación y que las mismas no se podían dedicar a conceder subvenciones a empresas. Alaya señala que tanto a aforados como a no aforados se les puede imputar la coautoría o participación en un mismo delito, por lo que considera que "dividir aún más la causa provocaría la pérdida del enlace objetivo de los hechos y un absurdo procesal que se arrastraría durante años". Mercedes Alaya considera que la competencia del alto tribunal debe abarcar toda la causa, no solo lo relativo a los cuatro aforados, una tesis contraria a la mantenida por el Supremo y por la Fiscalía Anticorrupción, que habían pedido la división de la causa en piezas separadas.

Una vez que ha llegado la exposición razonada al TSJA, el trámite ordinario en la Sala de lo Civil y Penal es dar traslado al Ministerio fiscal para que informe si es procedente o no la admisión a trámite de la causa. La causa de los ERE suma 243 tomos, más de 140.000 folios y la juez ha imputado por el momento a 229 personas sin contar a los nueve aforados de ambos tribunales.