El 19 de diciembre de 2000 en el salón de plenos del Ayuntamiento el alcalde de Algeciras, Patricio González y el presidente de la Cámara de Comercio, Carlos Fenoy, firmaron un contrato por el cual el edificio que diseñó Guillermo Pérez Villalta pasaba a ser propiedad municipal para convertirse así en palacio de congresos. El convenio supuso la compra del edificio a la Cámara de Comercio a cambio de la cesión de una parcela en el Paseo de la Cornisa para construir una nueva sede. La compra y rehabilitación del edificio sumó 800 millones de pesetas, que lo financió la Junta de Andalucía, la Diputación y el Ayuntamiento.

El pleno municipal aprobó el 25 de mayo de 2001 la compra por parte del Ayuntamiento del edificio Kursaal. El Ayuntamiento se convirtió así en legítimo propietario del edificio. González y Fenoy rubricaron el 13 de julio de 2001 ante notario los documentos que formalizan el paso de la propiedad del inmueble a la institución municipal.

En 1997 Joseba Eguidazu, Antonio Crespo y Enrique Salvo crearon la primera sociedad de arquitectos de la comarca registrada como tal en el Colegio Oficial de Cádiz. La Sociedad de Arquitectos del Campo de Gibraltar (SACG) fue la encargada de adaptar el edificio que el artista Pérez Villalta diseñó para la Cámara de Comercio, Industria y Navegación y que, tras comprarlo el Ayuntamiento, albergó definitivamente la sede del Palacio de Congresos y Exposiciones de Algeciras. Enrique Salvo en 1989 elaboró el proyecto del edificio diseñado por la firma del artista tarifeño. El edificio se cerró en 1994 y después se aprobaron una serie de leyes a las que debía ajustarse, como las relativas a las barreras arquitectónicas que aún a día de hoy no se han eliminado. El edificio se diseñó en 1989.

El Ayuntamiento sacó el pliego de condiciones en marzo de 2002 para adjudicar las obras del palacio de congresos, por el procedimiento de urgencia.

Un año después, el Ministerio de Hacienda aprobó el 12 de febrero de 2003 la relación de proyectos que estarán subvencionados con fondos del programa europeo de cooperación transfronteriza Interreg III.

El artista y diseñador del edificio que albergó el centro de cooperación con el norte de Marruecos y el futuro palacio de Congresos Kursaal, Guillermo Pérez Villalta, hizo el 9 de agosto de 2004 un recorrido por el inmueble ubicado en la avenida Villanueva.

En julio de 2006 el propio Pérez Villalta denunció la desaparición de parte de su obra en el Kursaal.

El Kursaal abrió el 28 de octubre de 2006 sus puertas para erigirse como centro de relaciones permanentes con el Magreb. El Kursaal supuso una inversión de 8,6 millones de euros financiado por al Unión Europea, la Consejería de Turismo, la Diputación y el Ayuntamiento. El edificio comenzó a funcionar en septiembre de 2007. En sus dependencias se instalaron las sedes de Turismo y Cooperación Internacional del Consistorio.

Antes de las elecciones municipales la Diputación anunció que haría más accesible el Kursaal.

La que fuera vicepresidenta de la Fundación Dos Orillas aseguró que el coste de las mejoras iría destinado a arreglar los desperfectos ocasionados por las lluvias en la cubierta. El coste aprobado en el consejo de la Fundación Dos Orillas provenía de los Fondos Europeos pero no se efectuó.

El Consejo de Gestión de la Gerencia Municipal de Urbanismo, que se celebró el 12 de agosto de 2011, bajo la presidencia del teniente de alcalde Diego González de la Torre, acordó conceder licencia de obras al Instituto de Empleo y Desarrollo Socieconómico y Tecnológico (IDET) para la ejecución de un proyecto destinado a la reparación y mantenimiento del edificio Kursaal. Dicho edificio es de titularidad municipal, aunque tiene una parte concedida al IDET para usos administrativos.

Las obras están encaminadas a resolver una serie de problemas que afectan al edificio, fundamentalmente los ocasionados por filtraciones de agua procedentes de las cubiertas y de la cúpula de vidrio, así como de las humedades de los paramentos verticales de la fachada y del patio interior. El presupuesto asciende a 168.036 euros y el plazo estimado es de nueve meses.

Guillermo Pérez Villalta (Tarifa, 1948) es un pintor, arquitecto y escultor integrante de la nueva figuración madrileña y uno de los pintores más representativos del posmodernismo en España. Algunas fuentes la incluyen en la corriente llamada neomanierismo. Destaca la autenticidad de sus materiales y pureza formal de su obra con una pintura de naturaleza narrativa. Su interés por los temas mitológicos y religiosos le distingue de la corriente actual y el Kursaal es un fiel ejemplo de ello.