Un día cualquiera, asomado a la Bahía, se puede contar sin problemas una veintena de buques de gran tamaño. Esto demuestra el importante tránsito que existe en un espacio de unas 7.500 hectáreas y el riesgo de accidente que esto supone. El mayor número de siniestros, y de mayor gravedad, se produjo en 2007, el año más negro para el tráfico marítimo en la Bahía de Algeciras. Sierra Nava, Samothraki y New Flame hicieron saltar las alarmas. En cuanto a consecuencias humanas hay que destacar el producido el 16 de julio de 2000 donde murieron 5 personas tras chocar los ferrys Ciudad de Tánger y el Ciudad de Ceuta en el Estrecho.
El 28 de enero de ese año, el buque frigorífico Sierra Nava quedó encallado en pleno Parque Natural del Estrecho, en la Punta San García. El fuerte temporal de levante hizo que la embarcación impactara con las rocas cercanas cuando este esperaba nuevas órdenes en el fondeadero C. Las consecuencias fueron una marea negra sobre la playa El Chinarral y otra menor en Getares donde se recogieron un total de 3.000 toneladas de residuos. Dos meses después la mayor grúa de Europa desencalló a la embarcación.
El accidente reabrió el debate sobre la seguridad marítima, acrecentado por los enfrentamientos entre partidos políticos que se arrojaban unos a otros las toneladas de vertidos derramados bajo sus gobiernos. Soluciones, pocas. Tras el accidente del New Flame se repetiría la historia.
Sin haberse solucionado el problema del Sierra Nava emerge otro. El buque griego Samothraki quedó varado junto al Peñón el 17 de marzo de 2007. El buque fue liberado el 4 de abril tras ser trasvasada las 40.000 toneladas que cargaba en su doble casco.
El 12 de agosto, a las 5:45 horas los caminos de chatarrero New Flame y el petrolero Torm Gertrud se cruzan a casi una milla al sur de Punta Europa después de abandonar el primero de ellos el puerto gibraltareños sin permiso. Tras la colisión, el chatarrero se llevó la peor parte quedando semihundido, hasta hoy, junto a las costas de Gibraltar. El otro implicado abandonó la zona una semana después. Desde un principio el accidente fue polémico. España se hizo cargo del buque seis horas antes que la administración gibraltareña pero acabó cediendo el rescate a la Roca.
Las empresas y los planes de salvamento se sucedían mientras que poco a poco el chatarrero se hundía como marcando una cuenta atrás. La oposición y los ecologistas siguen denunciando la falta de información y el ocultismo en torno a varios asuntos como la naturaleza y destino de las 42.000 toneladas de carga. Diez meses después, 22 millones de dólares, dos importantes empresas de salvamento y una infinidad de planes de rescate no han logrado sofocar el problema.
El capítulo de los accidentes marítimos en la Bahía de Algeciras sigue abierto.