Casi un 90 por ciento de los alumnos de educación Infantil y Primaria de Algeciras se han matriculado en el curso 2007/2008 en la asignatura de religión católica y tan sólo el 10 por ciento restante lo ha hecho en religión islámica, evangélica y asignaturas complementarias. El porcentaje es prácticamente igual a la media de escolares andaluces de Primaria, cifrada en el 91,33 por ciento que según la Consejería de Educación ha elegido la religión católica. En cuanto a provincias, Cádiz es la tercera provincia donde se matriculan más alumnos en religión católica, seguida por Sevilla y Málaga.

A pesar del gran número de ciudadanos musulmanes residiendo en Algeciras, el número de alumnos de Infantil y Primaria que se matricula en religión islámica no llega al 2 por ciento, seguida muy de cerca por los escolares que imparten religión evangélica y otras clases alternativas. En algunos colegios de la ciudad, existe un profesor de religión islámica, que en algunos casos es compartido entre al menos dos de ellos, éste es el caso de los centros Virgen del Pilar y Los Arcos, ambos comparten una profesora que acude a cada uno de los colegios una vez a la semana. En ambos centros, el número de alumnos no supera los doce, en su mayoría de primaria. En el caso del CEIP Adalides, los 13 alumnos matriculados en religión islámica, 5 de Infantil y 8 de Primaria, no cuentan con profesor, por lo que como ocurre en la mayoría de los centros educativos, estas horas se utilizan para actividades alternativas. Esta situación también se repite en el CEIP El Cano, uno de los centros con mayor número de escolares matriculados en esta religión , un total de 48 alumnos de los 283 matriculados, que imparten actividades complementarias y ética. También es significativo el número de niños que están matriculados en religión evangélica, en algunos centros, el número es mayor al de la religión del Islam, este es el caso del Inmaculada, un 1,60 evangélicos frente al 1,15 por ciento de islámicos.