El tráfico total movido por el Puerto Bahía de Algeciras, aunque era ya significativo en el panorama nacional en el año 1978, fue incrementándose de una manera muy considerable en las décadas siguientes, pasando de las 14.142.253 toneladas en el año citado a las 20.981.239 en 1985, a 30.033.716 en 1992, a 45.243.680 en 1999 y superando los 82 millones de toneladas en el año 2011. Estas cifras elevaron al puerto algecireño hasta el segundo puesto de los puertos españoles, por detrás del de Bilbao, el primero de España por entonces, en el año 1979, puesto que perdió en los siguientes años 1981, 1982 y 1983 para quedar relegado al tercer lugar, después de los de Bilbao y Tarragona, en 1984.

En 1987 y 1988 ocupó de nuevo el segundo lugar, en 1989 pasó al tercero y en 1992 las toneladas movidas se igualaron con las del puerto de Bilbao, que de nuevo era el primero de España. A partir de ese año y hasta 2009, el Puerto Bahía de Algeciras asistió a un gran incremento en el tráfico de mercancías ocupado, por primera vez, el primer puesto entre todos los puertos españoles en tráfico total, llegando al séptimo puesto de la Unión Europea en el año 2005.

En la Memoria Anual de 1981 se exponía una optimista visión del desarrollo futuro del tráfico de mercancías por el puerto de Algeciras, basándose en el hecho irreversible de la tendencia mundial de construcción de buques de mayores tamaños y, por tanto, de más calados, lo que hace considerar con interés a los puertos que reúnen las condiciones que permiten prestar servicios a esos buques (como el de Algeciras). El puerto algecireño disponía de muelles con grandes calados, los cuales se preveían aumentar de manera significativa en los años siguientes con la construcción de las infraestructuras proyectadas.

El establecimiento, en 1982, de una línea regular que enlazaba Canarias con Valencia, Alicante y Algeciras servida por buques roll-on roll-off (dedicados específicamente al transporte de mercancías mediantes camiones) vino a diversificar e incrementar este tipo de tráfico comercial realizado por medio de camiones o cabezas tractoras.

En la memoria de 1994 se hacía especial hincapié en el crecimiento del tráfico comercial que el Ingeniero Director vincula con la mayor actividad generalizada de las grandes industrias del Campo de Gibraltar, y en particular, de aquellas directamente relacionadas con el Puerto, como son la Refinería Gibraltar de Cepsa, Acerinox y Gibraltar Intercar, que proporcionaron un incremento importante en sus tráficos correspondientes.

Los incrementos en el tráfico habidos desde mediados de los años noventa estuvieron motivados, en buena parte, por el aumento mantenido en cada anualidad del tráfico de mercancías contenerizadas, que en el año 2002 suponía un 46 % del tráfico total. (Al tráfico de mercancías por medio de contenedores se dedicará el próximo artículo).

En lo que se refiere al tráfico de graneles sólidos, en el año 1980 se conoce en la Junta de Obras la decisión de construir en la bahía una Terminal Transoceánica de carbón con una inversión aproximada en instalaciones portuarias de 15.000 millones de pesetas. El gran incremento en esta clase de tráfico que se observa en el año 1985 con respecto al anterior (de 289.136 toneladas en 1984 se pasó a 841.782 toneladas en 1985) se debió a la puesta en funcionamiento de la citada "Terminal Internacional de Carbones Gibraltar, S.A", que importaba carbón procedente de Australia, Sudáfrica, EEUU, Indonesia, Colombia y España.

A diferencia de los demás tráficos que protagonizaron un gran desarrollo en las décadas finales del siglo XX y primera del siglo XXI, el de productos petrolíferos, después del aumento de toneladas generado por la puesta en funcionamiento de la Refinería Gibraltar en 1967, se mantuvo en unos índices de crecimientos muy bajos entre 1980 y 2008. Entre los años 1979 (14.581.175 toneladas) y 2009 (20.142.781 toneladas) el crecimiento porcentual sólo representó un 27,6 %.

En 1994, se avituallamiento de buques alcanzó la cifra de 1.590.875 toneladas, creciendo de forma ostensible el bunkering con un 29,6 %, lo que situó, por primera vez en su historia, al puerto de Algeciras por delante del puerto de Gibraltar. En 2006 el bunkering había alcanzado las 2.225.501 toneladas, batiendo un record entre los puertos nacionales. En los últimos años, el avituallamiento se ha centrado, en un elevado porcentaje, en combustibles líquidos, además de agua y hielo. En 2009 el bunkering estuvo dominado por el abastecimiento de combustible (2.520.571 toneladas). El agua proporcionada alcanzó la cifra de 162.800 toneladas y el hielo las 1.200 toneladas.

En 1991 el tráfico de cabotaje ascendió a un total de 7.655.822 toneladas y el de exterior a 11.882.087. En el año siguiente, las cifras fueron de 6.802.254 en cabotaje y 21.499.394 de exterior, lo que evidencia el importante cambio que, en las década de los setenta y de los ochenta, había protagonizado el puerto de Algeciras, transformándose en un enclave portuario de ámbito global comunicado con los principales puertos del mundo en lo que se refiere al tráfico de mercancía general, contenedores, productos petrolíferos y graneles sólidos, aunque siguieran siendo sus relaciones con el Norte de África la base del tráfico de pasajeros y de vehículos.

La consideración del Puerto Bahía de Algeciras como un puerto isla, en el que el tráfico de mercancías, general o contenerizada, lo utiliza como lugar de descarga y transbordo o de carga/descarga con destino u origen en puertos de otras naciones, está fundamentada en las toneladas que se mueven bajo el epígrafe de cabotaje y las que lo hacen como tráfico exterior. En 1978 el porcentaje de mercancías contabilizadas como de cabotaje era del 26,7 % del tráfico total y el de exterior del 73,3 %; en 2001 el porcentaje del tráfico de cabotaje había decrecido hasta el 23,7 % y el exterior había alcanzado el 76,3 %; en 2005 el tráfico de cabotaje fue del 12,9 % y el exterior del 87,1 %.