Un primer proyecto de desviación del río de la Miel, que era una vieja demanda de las autoridades locales, redactado en 1949, nunca se llevó a cabo y el saneamiento de su cauce en el tramo final, incluyendo la construcción de dos colectores por la Confederación Hidrográfica del Sur para la recogida de las aguas residuales de la ciudad, no había obtenido el resultado que se esperaba, manteniendo el curso bajo del emblemático río en una situación de degradación creciente, lo que provocaba malos olores y una negativa imagen de Algeciras para los viajeros que, sobre todo en verano, desembarcaban o acudían para embarcar en el puerto.

Otro de los objetivos de las obras de desviación y saneamiento del río era evitar las frecuentes y avenidas que, en los meses de invierno, arrasaban el curso bajo y las zonas bajas de la ciudad cercanas a la desembocadura (barriadas del Río Ancho, Plaza del Mercado y calles adyacentes) y que ocasionaban enormes daños materiales.

En la sesión celebrada por la Junta de Obras del Puerto el día 11 de julio de 1969 volvió a tratarse el asunto de la desviación del cauce del río que tanto interés despertaba entre los representantes de la ciudad en la Junta y en las autoridades locales. En la citada reunión se leyó un escrito de la Dirección General de Puertos y Señales Marítimas autorizando a la Junta a colaborar con la Dirección General de Obras Hidráulicas para la ejecución del Proyecto de Desviación del Arroyo (sic) del río de la Miel. Sin embargo, y aunque se dio el visto bueno a la iniciativa, las obras no se iniciaron hasta el año 1971, consistiendo en el encauzamiento y abovedamiento del río desde la zona conocida como Pajarete hasta la desembocadura junto al muelle de la Galera. Desde Pajarete se construyó un desvío o canal subterráneo que atravesaba la ciudad para salir en la playa de los Ladrillos. Esta desviación artificial del cauce tenía como finalidad conducir las aguas producidas por las lluvias desde la cuenca alta del río hasta el mar, librando a las barriadas antes citadas de inundaciones.

Consta que los ministros del Plan de Desarrollo, Laureano López Rodó, y de Obras Públicas, Gonzalo Fernández de la Mora, en la visita que realizaron al Campo de Gibraltar en el mes de octubre de 1971 y después de la reunión mantenida con la Comisión Comarcal de Servicios Técnicos, se trasladaron a la desembocadura del río de la Miel para inaugurar las obras de encauzamiento y desviación del mismo, proyecto que iba a acometer el Ministerio de Obras Públicas con una inversión de 336 millones de pesetas. En el Archivo Fotográfico de la APBA se conservan diversas imágenes tomadas en el transcurso de las obras realizadas entre los años 1973 y 1975 y que acabaron definitivamente con los malos olores al paso del río por la ciudad y las devastadoras avenidas, aunque no se solucionó el problema de los vertidos de aguas negras que siguieron contaminando la dársena.

La decidida política de colaboración con instituciones y asociaciones locales y comarcales de la Autoridad Portuaria de la Bahía de Algeciras, tomó fuerza en estos años, aunque, como ya se ha referido en artículos anteriores, existieron algunos proyectos conjuntos desde las primeras décadas del siglo XX. En la sesión celebrada el 20 de mayo de 1969 se aprobó la ocupación por el Club de Tenis de Algeciras de una amplia parcela para la instalación de una pista de juego en la zona de servicios portuarios, cerca del edificio de oficinas del puerto, que le había sido concedida el 7 de diciembre de 1967.

El último cuarto del siglo XX representó para el Puerto Bahía de Algeciras una etapa de desarrollo en todos los órdenes y de consolidación de sus tráficos, de cambio de las estructuras administrativas de la institución, de expansión de su área de influencia y de conversión de puerto regional en un enclave portuario de carácter global. La ampliación y modernización de infraestructuras (nuevo muelle del Navío, prolongación del Dique Norte, construcción del muelle de Isla Verde Exterior, nuevo aprovechamiento de Crinavis, puerto de La Línea de la Concepción, mejoras y ampliación del puerto de Tarifa, puerto deportivo del Saladillo, etc.), unido a la construcción de nuevas instalaciones y dotación de servicios (nueva Estación Marítima, adquisición de modernas grúas, instalaciones para carga/descarga de cemento, Duques de Alba de la Confederación Hidrográfica del Sur, atraques para transbordadores, edificio para estacionamiento de vehículos, monoboya para descarga de crudo, acceso del ferrocarril a los muelles de la Isla Verde y del Navío, etcétera). Todo ello y la multiplicación de las líneas de navegación internacional, merced a la conversión del puerto en el primero de España (y uno de los más importante de Europa) en el tráfico de contenedores, han convertido aquel humilde enclave de principios del siglo XX, en uno de los más dinámicos y con mejores perspectivas de futuro de la red de puertos españoles.

El 19 de octubre de 1967 el puerto pasaba a denominarse de Algeciras-La Línea. Con la instalación de la Refinería Gibraltar de Cepsa en el litoral de San Roque en 1967, la factoría de Acerinox en 1973, la Terminal Internacional de Carbones Gibraltar Intercar en 1985, la Central Térmica de Los Barrios en el mismo año, la construcción del puerto de la Atunara y la mejora del de poniente de La Línea, todo el arco de la bahía comienza a explotarse de manera intensiva desde el punto de vista portuario, lo que redundó en la obtención de una mejora de la oferta para las empresas que deseaban instalarse en la zona y una mayor colaboración con los municipios cuyo litoral estaba dentro del área de influencia y desarrollo del puerto.

El 2 de abril de 1982, por Real Decreto, se integra el puerto de Tarifa en el ámbito de competencia del Puerto Bahía de Algeciras, configurándose, desde entonces, el área portuaria con tres zonas de desarrollo: dos en la bahía de Algeciras y la tercera en Tarifa. Este último espacio, además del tradicional tráfico pesquero, tendría, en el futuro, un desarrollo destacado como puerto de pasaje con la vecina ciudad de Tánger.

En el año 1992 la Junta de Obras del Puerto de Algeciras se transformó en Autoridad Portuaria de la Bahía de Algeciras, logrando con esta modificación legal una mayor autonomía administrativa, económica y de gestión de los recursos.